高效、均勻的基于雜交的全外顯子組測序捕獲

新的 KAPA HyperExome 探針池結(jié)合了十多年的探針設(shè)計(jì)經(jīng)驗(yàn)和改進(jìn)的探針制造工藝，能夠高效、均勻地基于雜交捕獲全外顯子組測序 (WES)。實(shí)現(xiàn)對基因組變異的靈敏、可靠的檢測，包括外顯子區(qū)域內(nèi)的單核苷酸變異 (SNV)、插入/缺失、拷貝數(shù)變異 (CNV)、基因融合、倒位和其他重排。

·       通過好的捕獲均勻性 降低檢測變異所需的測序量，從而降低測序成本并節(jié)省時間

·       可靠地豐富具有挑戰(zhàn)性的、以前無法接近的外顯子區(qū)域

·        利用 387 個樣本追蹤 SNP確保準(zhǔn)確識別樣本

·        使用由 KAPA HyperPrep 或 KAPA HyperPlus Library Prep Kits 驅(qū)動的 HyperCap Workflow v3簡化靶向測

性能數(shù)據(jù)

降低測序成本并節(jié)省時間

·       利用 KAPA HyperExome 緊湊的 ~43 Mb 設(shè)計(jì)優(yōu)化測序吞吐量

·       與供應(yīng)商 X 相比實(shí)現(xiàn)更好的覆蓋率，尤其是更深層次的排序

與供應(yīng)商 X Exome 相比，KAPA HyperExome 具有更高的目標(biāo)讀取百分比、更深的中值覆蓋率和更廣泛的目標(biāo)覆蓋率。 

圖 1.與供應(yīng)商 X Exome 相比，KAPA HyperExome 具有更高的目標(biāo)讀取百分比、更深的中值覆蓋率和更廣泛的目標(biāo)覆蓋率。

對于 KAPA HyperExome 和供應(yīng)商 X 外顯子組工作流程：對來自 16 個細(xì)胞系的 DNA 進(jìn)行三次處理（每個工作流程總共 48 個文庫）；對輸入 DNA 進(jìn)行酶切；在捕獲前將樣本以 8 個為一組進(jìn)行多路復(fù)用并雜交 16 小時；用 8 個 PCR 循環(huán)擴(kuò)增最終的捕獲后文庫；并在 Illumina® NovaSeq™ 測序儀上對文庫進(jìn)行測序（2 x 100 bp）。對于 KAPA HyperExome 樣本，使用 KAPA HyperPlus 試劑盒、KAPA 通用適配器和 KAPA UDI 引物混合物從 100 ng DNA 制備文庫；在 8 個捕獲前 PCR 循環(huán)后在 55oC 下進(jìn)行雜交和清洗。根據(jù)制造商的說明，從 50 ng 基因組 DNA 制備供應(yīng)商 X 樣本。為了進(jìn)行分析，測序數(shù)據(jù)按外顯子組面板大小按比例進(jìn)行子采樣，以實(shí)現(xiàn)相同的目標(biāo)平均覆蓋深度。

通過好的捕獲均勻性很大程度地提高吞吐量

·       利用設(shè)計(jì)專業(yè)知識和使用廣泛優(yōu)化的面板來提高測序效率

·       即使在難以捕捉的區(qū)域也能實(shí)現(xiàn)最佳的整體平衡

圖 2. KAPA HyperExome 實(shí)現(xiàn)高度均勻的覆蓋——即使在 %GC 較高或較低的區(qū)域也是如此。 

在使用 KAPA HyperExome 探針捕獲之前，使用 KAPA HyperPlus 試劑盒和 KAPA 通用適配器和 KAPA UDI 引物混合物從 100 ng DNA 中制備文庫。文庫 (8) 在捕獲前進(jìn)行多路復(fù)用，與探針雜交 16 小時，捕獲后擴(kuò)增，并在 Illumina NovaSeq 測序儀上測序 (2 x 100 bp)。條形圖表示來自 16 個不同細(xì)胞系的數(shù)據(jù)，重復(fù)處理三次。面板 B 中的每個數(shù)據(jù)集都來自不同的細(xì)胞系。

可靠地豐富具有挑戰(zhàn)性的、以前無法接近的外顯子區(qū)域

·       提高重要基因組數(shù)據(jù)庫（包括 ACMG59、CCDS 和 ClinVar）中關(guān)鍵研究基因的覆蓋率

·       使用全面而緊湊的 KAPA HyperExome 面板發(fā)現(xiàn)更多變體

圖 3.與供應(yīng)商 X Exome 相比，KAPA HyperExome 對重要基因組數(shù)據(jù)庫的覆蓋范圍更廣。 

對于 KAPA HyperExome 和供應(yīng)商 X 外顯子組工作流程：對來自 16 個細(xì)胞系的 DNA 進(jìn)行三次處理（每個工作流程總共 48 個文庫）；對輸入 DNA 進(jìn)行酶切；在捕獲前將樣本以 8 個為一組進(jìn)行多路復(fù)用并雜交 16 小時；用 8 個 PCR 循環(huán)擴(kuò)增最終的捕獲后文庫；并在 Illumina® NovaSeq™ 測序儀上對文庫進(jìn)行測序（2 x 100 bp）。對于 KAPA HyperExome 樣本，使用 KAPA HyperPlus 試劑盒、KAPA 通用適配器和 KAPA UDI 引物混合物從 100 ng DNA 制備文庫；在 8 個捕獲前 PCR 循環(huán)后在 55oC 下進(jìn)行雜交和清洗。根據(jù)制造商的說明，從 50 ng 基因組 DNA 制備供應(yīng)商 X 樣本。為了進(jìn)行分析，測序數(shù)據(jù)按外顯子組面板大小按比例進(jìn)行子采樣，以實(shí)現(xiàn)相同的目標(biāo)平均覆蓋深度。

確保樣品識別準(zhǔn)確

研究人員經(jīng)常使用對照加樣來跟蹤整個 NGS 工作流程中的樣本。但是，樣本處理錯誤仍然會導(dǎo)致樣本識別錯誤。HyperExome 針對 387 個選定的 SNP 位點(diǎn)，將其作為獨(dú)立于樣本處理的內(nèi)在樣本標(biāo)識符，使研究人員能夠：

·       消除與手動添加樣品跟蹤添加物相關(guān)的錯誤

·       提高 NGS 結(jié)果的可靠性，增強(qiáng)對樣本身份的信心

·       減少昂貴的樣品錯誤識別